Vihreä ninja nousee. Great Devourer on kukistettu, mutta lordi Garmadon on yhä vapaalla jalalla. Mikä pahinta, hän on saanut käsiinsä Spinjitsun neljä kultaista asetta ja ninjojen lentävän aluksen Bountyn. Pian hän myös ottaa kärmeiset komentoonsa. Neljän ninjan on autettava Lloydia valmistautumaan kohtaamaan isänsä, mikä ei ole helppoa kodittomana ja rajoitetuin voimin. Lloydkaan ei ole mikään kympin oppilas. Garmadon on päättänyt estää Lloydia saavuttamasta täyttä potentiaaliaan. Hän punoo lukuisia juonia, joihin liittyvät äärimmäinen mega-ase, vaaralliset merirosvot, neljän ninjan ilkeät kaksoiskappaleet sekä uhkarohkea kisa läpi koko Ninjagon. Vihreän ninjan kohtalo on yhä avoin.