Kirjassa esitellään Suomen yleisimpiä ja eri tavoin kiinnostavia rupijäkäliä sekä joitakin jäkälöitymättömiä kotelosieniä, yhteensä 300 lajia. Suomen rupijäkälät on jatkoa 2011 julkaistulle ja Tieto-Finlandia-palkitulle Suomen jäkäläoppaalle. Kirja on tarkoitettu ammattilaisille, opiskelijoille ja harrastajille. Johdanto esittelee muun muassa rupijäkälien tuntomerkkejä ja elinympäristöjä sekä tarjoaa vinkkejä rupijäkälien keräämiseen, määrittämiseen ja valokuvaukseen. Lajisto-osa koostuu suku- ja lajikuvauksista sekä kasvupaikka- ja levinneisyystiedoista. Jokaisesta lajista on myös värivalokuva. Käytetyt termit, keskeisin kirjallisuus, suomi-englanti-sanakirja sekä nimihakemisto löytyvät kirjan loppuosasta. Lisäksi kirjaan on koottu luettelo Suomen koko jäkälälajistosta sekä jäkäliltä tavatuista loissienistä ja eräistä muista jäkälämäisistä kotelosienistä, yhteensä 1965 lajia.