Maaseutupoliittinen kokonaisohjelma on Suomessa käyttöön otettu menettely kiinnittää huomiota keskushallinnon päätösten maaseutuvaikutuksiin. Useiden sektoripolitiikan alojen päätökset ovat vaikuttavinta alue- ja maaseutupolitiikkaa, eikä niiden yhteydessä aina pystytä toimimaan alueiden kannalta myönteisesti. Siksi kokonaisohjelma etsii kielteisiä vaikutuksia vähentäviä keinoja ja toisaalta se rakentaa ja vahvistaa aitoa poikkihallinnollista toimintaa. Monissa kysymyksissä kokonaisohjelma tukee ja täydentää hallinnonalojen ratkaisuja, mutta ohjelma tarjoaa päättäjille myös sektorihallintojen korostuksiin nähden vaihtoehtoja.