Kaakkois-Aasian kovin palkkasoturijoukko toimittaa mitä vain minne vain - jos hinta on kohdallaan. Toisen maailmansodan aikaisen BLACK LAGOON -nimisen torpedoveneen miehistöön kuuluvat Vietnam-veteraani Dutch, mekaanikko Benny, ase-ekspertti Revy Two Hand ja valkokaulustyöläinen Rock. Heidän toimialuettaan on alamaailma, jossa häärivät venäläinen mafia, kiinalaiset triadit, kolumbialaiset huumekartellit, psykoottiset sisäköt, häikäilemättömät murhaajat, natsit, friikit, prostituoidut ja nistit. Black lagoonin miehistö vanhoine tuttavineen on helisemässä, kun Roberta riehuu punahehkuisessa Roanapurissa. Paremmin ei mene myöskään amerikkalaisilla erikoisjoukoilla, joita viedään kuin pässiä narun päässä teuraalle. Ruudinsavun keskeltä jonkun on pelastettava päivä, mutta kenellä on munaa pysäyttää hulluuden partaalla keikkuva Florencian verikoira?!